При выращивании и размножении аквариумных растений необходимо обращать внимание и на выбор рыб для аквариума. Для содержания в аквариуме более подходят живородящие рыбы, чем икромечущие, так как они в большей степени обогащают грунт питательными веществами.
При содержании крупных цихлид (за исключением скалярий), которые иногда выдергивают из грунта растения со слабой корневой системой, рекомендуется корневую систему поверх грунта обкладывать более крупным гравием или содержать в аквариуме только большие растения с хорошо развитой корневой системой и жесткой листвой. При содержании цихлид или других рыб, которые перед нерестом выкапывают в грунте канавки или, добывая пищу, роются в грунте, растения рекомендуется сажать в горшочки. Для рыб, ведущих донный образ жизни (сомиков, вьюнов, бычков), а также для тех, которые часто роют песок (золотых, шубунок, телескопов, вуалехвостов и других из рода караси), рекомендуется в качестве грунта использовать гальку размером 7—10 мм. Аквариумы с такими рыбами желательно оборудовать механическим фильтром, очищающим воду от взвешенных частиц; осевшие частицы на листьях растений необходимо периодически удалять рукой. В таких аквариумах рекомендуется содержать водные растения из семейства Fontinalaceae, Hypnaceae и других, которые, подобно губке, собирают муть и очищают воду. Растения необходимо периодически промывать в свежей чистой и теплой питьевой воде.
В аквариумах, установленных в светлых помещениях, возможно появление сине-зеленых водорослей, которые являются нежелательными организмами. Размножаясь в больших количествах, они наносят большой вред высшим водным растениям, так как поселяются на листьях растений и снижают их способность к ассимиляции. В таких аквариумах полезно содержать рыб из рода отоцинклюс (Otocinclus). В аквариумах содержатся несколько видов этого рода. Эти рыбы питаются, главным образом, растительной пищей, в первую очередь, водорослями. Они настоящие «санитары», тщательно очищают стекла аквариума, растения и грунт от водорослей. Особенно полезна присоска (Otocinclus maculipinnis Regan).
Рыбы в аквариуме играют важную роль в биологических процессах, непрерывно происходящих в воде. В результате этих процессов продукты жизнедеятельности рыб частично усваиваются растениями. При правильном выборе рыб для аквариума решается задача успешного выращивания водных растений.