Болезни рыб в зависимости от причин, их вызывающих (этиологии), подразделяют на незаразные, инфекционные и инвазионные. Незаразными называют болезни, вызываемые механическими, физическими и химическими факторами внешней среды; инфекционными - болезни, возбудителями которых являются паразиты растительного происхождения: бактерии (бактериозы), грибы (микозы), вирусы (вирусозы), риккетсии (риккетсиозы) и одноклеточные водоросли (альгеозы); инвазионными - болезни, возбудителями которых являются паразиты животного происхождения: одноклеточные или простейшие организмы (протозойные), паразитические черви (гельминтозы), паразитические рачки типа членистоногих (крустацеозы) и моллюски (моллюскозы). Среди аквариумных рыб не встречаются или остаются неизученными такие болезни, как риккетсиозы, альгеозы и моллюскозы, которые не включены в классификацию болезней аквариумных рыб и не описаны в книге.
Инвазионные болезни рыб в книге названы в соответствии с принципами номенклатуры, предложенной академиком К. И. Скрябиным. Инвазии описаны под зоологическим наименованием рода возбудителя путем прибавления к корню слова, обозначающего родовое название возбудителя, суффиксов -оз- или -ез- (латинский - osis), например плистофороз, глюгеоз, костиоз, хилодонеллез и т. д.